KaramelaYedi
New member
MUluslararası bir ekip, insan genomu için yeni ve daha iyi bir referans genomla önemli bir hedefe ulaştı. Yüzden fazla araştırmacı, “Nature” dergisinde insan çeşitliliğini eskisinden çok daha iyi temsil etmekle kalmayıp aynı zamanda çok daha kesin olan yeni bir referans genomu sundu.
“Human Pangenome Reference” konsorsiyumunun öncülüğünde geliştirilmiş olup, bugüne kadar genetik analiz ve deneylerde referans noktası olan önceki genom referansının yerini almıştır. Yeni şablon artık bir kişinin genomuna değil, farklı geçmişlere sahip 47 kişinin genomuna dayanıyor. Bir pangenom referansı için bu sözde taslak, genetik hastalıkların araştırılması için özellikle önemlidir.
Bir hücrenin tüm genetik bilgilerinin tamamına genom denir. Bu bilgi, DNA’nın dört temel yapı taşı (deoksiribonükleik asit) tarafından oluşturulur. Harfler olarak da adlandırılan bu yapı taşlarının veya nükleobazların dizisi, diğer şeylerin yanı sıra, her organizmanın gelişimini ve işlevlerini kontrol eden vücutta hangi proteinlerin oluşturulacağını belirler.
ayrıca oku
Bu nedenle DNA’ya yaşamın planı olarak da atıfta bulunulur – ve genomun daha eksiksiz bir şekilde çözülmesine giden yolda atılan her adım bilimsel bir sansasyon olarak kutlanır. Bu, yirmi yılı aşkın bir süre önce ilk genom planının sunumu için de geçerli: 2001’de, devlet tarafından finanse edilen insan genomu projesinden bilim adamları ve genetik araştırmacı Craig Venter, iki uzmanlık dergisinde insan genomunun dizisini deşifre ettiklerini bildirdiler. . Böyle bir dizi, genomdaki yapı taşlarının sırasını tanımlar ve bunların sırası, dizileme yöntemleri kullanılarak belirlenir.
Bu diziler kişiden kişiye biraz farklılık gösterir, ortalama olarak iki kişinin genomları yüzde 99’dan fazla aynıdır. Kalan farklılıklar, her bir kişinin genetik benzersizliğini şekillendirir ve diğer şeylerin yanı sıra sağlıkları hakkında bilgi sağlayabilir.
Alman Kanser Araştırma Merkezi Moleküler Genetik Bölüm Başkanı Peter Lichter’in açıkladığı gibi, başta kanser ve klasik kalıtsal hastalıklar olmak üzere birçok hastalığın gelişimi genomdaki değişikliklere kadar izlenebilir: “Değişiklikleri tanımak için Bu tür hastalıkların gelişmesinden veya yayılmasından sorumlu olan genomların – örneğin tümör hücrelerinin – kodu çözülür ve sözde insan referans genomu ile karşılaştırılır.
Yeni referans genomun bileşenleri parçalandı
Kaynak: Darryl Leja, NHGRI
Ana çalışmanın yazarı California Santa Cruz Üniversitesi’nden Benedict Paten, bir basın röportajında, bunun önemini yabancıların fark etmesinin zor olduğunu belirtiyor: “Referansı bir koordinat sistemi veya bir harita gibi kullanıyoruz. Ve genler hakkında konuşurken sürekli dizilimlerine atıfta bulunuyoruz.”
2003 yılında yayınlanan referans genom, 2001 yılında yayınlanan dizilemeye dayanmaktadır ve bu nedenle büyük ölçüde tek bir kişinin genomuna dayanmaktadır. O zamandan beri güncellendi ve tamamlandı. Bununla birlikte, ABD Ulusal Sağlık Enstitüleri’nden genetikçi ve çalışmanın baş yazarı Adam Phillippy, sınırlı olduğunu ve belirli insanlara daha nadir veya benzersiz olan dizileri temsil edemediğini açıklıyor.
“Her insanın benzersiz bir genomu vardır, bu nedenle her insan için tek bir referans genom dizisi kullanmak, genomik analizde eşitsizliklere yol açabilir.” Bu, örneğin, genomu referans genomdan daha farklı olan bir kişide genetik bir hastalığı tahmin etmenin yanlış olduğu anlamına gelir. iyi çalışma olasılığı daha düşüktür.
Genomun demokratikleşmesi
Yeni gen haritası başlangıçta farklı kökenlere sahip 47 kişinin genomlarına dayandırılsa da, araştırmacılar bu sayıyı 2024 ortasına kadar 350’ye çıkarmayı hedefliyor. Peter Lichter için, mevcut yayın şimdiden bir kilometre taşını temsil ediyor: “Veriler, yalnızca bir birey içindeki veya küresel olarak genetik değişkenlik hakkındaki genom-biyolojik soruları daha ayrıntılı incelememize izin vermiyor, aynı zamanda gelişmiş, tıbbi olarak kullanılabilir referans genomlar için temel oluşturuyor. ”
Erlangen Üniversite Hastanesi İnsan Genetiği Enstitüsü Direktörü André Reis şunları ekliyor: “Bu, genomun demokratikleşmesi ve Avrupa kökenli olmayan insanların genom araştırmalarının başarılarına katılımı için önemli bir ilk adım.”
Şu anda yaratılan genom referansı, yalnızca daha fazla çeşitliliği tasvir etmekle kalmıyor, aynı zamanda eski referanstan daha kesin. Bu, aynı anda daha uzun DNA uzantılarını okuyan uzun okumalı DNA dizilimi gibi son teknolojik gelişmelerle mümkün olmuştur. Teknik, geçen yıl Science dergisinde bildirilen ve şimdi yeni referansa dahil edilen ilk tam insan genom dizisinin oluşturulmasına izin verdi.
ayrıca oku
Genel olarak, çalışmanın yazarlarına göre, insan genomunun yüzde 99’u genom referansında yüzde 99’luk bir doğrulukla temsil ediliyor. Ek olarak, yeni pangenom tasarımı, insan genomunun birçok farklı versiyonunu aynı anda temsil ederken, önceki referans genom tek, doğrusal bir sekanstı.
Bu, araştırmacılara, diğer insan genom dizilerini analiz etmek ve gen segmentlerinin varyantlarını belirlemek için yeni referansı kullanma konusunda daha fazla fırsat verir. Çalışma yazarı Paten, “Bu, sonuçta genetik testlerin iyileştirilmesine yardımcı olurken, her tür genetik varyasyonun hastalıklarla mücadeleye olan katkısını daha net bir şekilde anlamamızı sağlayacak.”
Washington Üniversitesi’nden ortak yazar Evan Eichler, “Bu şekilde, örneğin, belirli kardiyovasküler hastalık veya şizofreni türlerinin genetik nedenlerini daha iyi anlayacağız ve onları daha iyi tedavi edebileceğiz” diye ekliyor.
Neredeyse tüm boşluklar kapandı
Çalışmalara dahil olmayan bilim adamları bile yeni referansta muazzam bir potansiyel görüyorlar. “Nature’da yayınlanan bu çalışma ve 2022’de Science’ta yayınlanan ilk tam genom dizilimi, genomun ilk versiyonunda hala mevcut olan tüm boşlukları pratik olarak kapatıyor. ” diye özetliyor Reis.
Hepsinden önemlisi, yeni genom referansı, daha önce sözde yaygın hastalıklarla ilgili geniş genom çapında ilişkilendirme çalışmalarında dikkate alınamayan özellikler ve hastalıklar üzerindeki yapısal değişkenlerin etkisinin araştırılmasına olanak tanır. Ayrıca, nadir hastalıklar olarak bilinenler hakkında yeni bilgiler sağlayabilir.
Avusturya Moleküler Patoloji Araştırma Enstitüsü’nün proje yöneticisi Siegfried Schloissnig’e göre, “genomikte bir değişiklik” çok yakın. Bir kişiye dayalı referans genomun yerini birçok kişinin oluşturduğu bir bileşim alır: “Pek çok analitik yöntemin temelindeki bu köklü değişim, bunların uyarlanmasını veya tamamen yeni yaklaşımların geliştirilmesini gerektirir.”
ayrıca oku
Bununla birlikte, başlangıçta, bir pangenomun ilk taslağı muhtemelen öncelikle genomik analizleri geliştirmeye hizmet edecek, diye açıklıyor Paten: “Uzun vadede, pangenomun, genetik evreni anlamamızı sağlayacak standart bir koordinat sistemine dönüşeceğini umuyorum. popülasyondaki farklılıkları daha kapsamlı bir şekilde tartışmak için.”
Ancak, burada sunulan referansın klinik araştırma topluluğu tarafından benimsenmesi ve kullanılması zaman alacaktır. Paten şöyle açıklıyor: “Sonuç olarak burada, temel bir referans yapısı olarak insan varyasyonunun çeşitli, kapsamlı bir açıklamasını oluşturmak için genomiğin temelini yeniden anlatıyoruz ve böylece önyargıyı azaltıyoruz. Hassas tıbbın geleceğinin herkese eşit şekilde fayda sağlamasını istiyorsak bu çok önemlidir.”
“Human Pangenome Reference” konsorsiyumunun öncülüğünde geliştirilmiş olup, bugüne kadar genetik analiz ve deneylerde referans noktası olan önceki genom referansının yerini almıştır. Yeni şablon artık bir kişinin genomuna değil, farklı geçmişlere sahip 47 kişinin genomuna dayanıyor. Bir pangenom referansı için bu sözde taslak, genetik hastalıkların araştırılması için özellikle önemlidir.
Bir hücrenin tüm genetik bilgilerinin tamamına genom denir. Bu bilgi, DNA’nın dört temel yapı taşı (deoksiribonükleik asit) tarafından oluşturulur. Harfler olarak da adlandırılan bu yapı taşlarının veya nükleobazların dizisi, diğer şeylerin yanı sıra, her organizmanın gelişimini ve işlevlerini kontrol eden vücutta hangi proteinlerin oluşturulacağını belirler.
ayrıca oku
Bu nedenle DNA’ya yaşamın planı olarak da atıfta bulunulur – ve genomun daha eksiksiz bir şekilde çözülmesine giden yolda atılan her adım bilimsel bir sansasyon olarak kutlanır. Bu, yirmi yılı aşkın bir süre önce ilk genom planının sunumu için de geçerli: 2001’de, devlet tarafından finanse edilen insan genomu projesinden bilim adamları ve genetik araştırmacı Craig Venter, iki uzmanlık dergisinde insan genomunun dizisini deşifre ettiklerini bildirdiler. . Böyle bir dizi, genomdaki yapı taşlarının sırasını tanımlar ve bunların sırası, dizileme yöntemleri kullanılarak belirlenir.
Bu diziler kişiden kişiye biraz farklılık gösterir, ortalama olarak iki kişinin genomları yüzde 99’dan fazla aynıdır. Kalan farklılıklar, her bir kişinin genetik benzersizliğini şekillendirir ve diğer şeylerin yanı sıra sağlıkları hakkında bilgi sağlayabilir.
Alman Kanser Araştırma Merkezi Moleküler Genetik Bölüm Başkanı Peter Lichter’in açıkladığı gibi, başta kanser ve klasik kalıtsal hastalıklar olmak üzere birçok hastalığın gelişimi genomdaki değişikliklere kadar izlenebilir: “Değişiklikleri tanımak için Bu tür hastalıkların gelişmesinden veya yayılmasından sorumlu olan genomların – örneğin tümör hücrelerinin – kodu çözülür ve sözde insan referans genomu ile karşılaştırılır.
Yeni referans genomun bileşenleri parçalandı
Kaynak: Darryl Leja, NHGRI
Ana çalışmanın yazarı California Santa Cruz Üniversitesi’nden Benedict Paten, bir basın röportajında, bunun önemini yabancıların fark etmesinin zor olduğunu belirtiyor: “Referansı bir koordinat sistemi veya bir harita gibi kullanıyoruz. Ve genler hakkında konuşurken sürekli dizilimlerine atıfta bulunuyoruz.”
2003 yılında yayınlanan referans genom, 2001 yılında yayınlanan dizilemeye dayanmaktadır ve bu nedenle büyük ölçüde tek bir kişinin genomuna dayanmaktadır. O zamandan beri güncellendi ve tamamlandı. Bununla birlikte, ABD Ulusal Sağlık Enstitüleri’nden genetikçi ve çalışmanın baş yazarı Adam Phillippy, sınırlı olduğunu ve belirli insanlara daha nadir veya benzersiz olan dizileri temsil edemediğini açıklıyor.
“Her insanın benzersiz bir genomu vardır, bu nedenle her insan için tek bir referans genom dizisi kullanmak, genomik analizde eşitsizliklere yol açabilir.” Bu, örneğin, genomu referans genomdan daha farklı olan bir kişide genetik bir hastalığı tahmin etmenin yanlış olduğu anlamına gelir. iyi çalışma olasılığı daha düşüktür.
Genomun demokratikleşmesi
Yeni gen haritası başlangıçta farklı kökenlere sahip 47 kişinin genomlarına dayandırılsa da, araştırmacılar bu sayıyı 2024 ortasına kadar 350’ye çıkarmayı hedefliyor. Peter Lichter için, mevcut yayın şimdiden bir kilometre taşını temsil ediyor: “Veriler, yalnızca bir birey içindeki veya küresel olarak genetik değişkenlik hakkındaki genom-biyolojik soruları daha ayrıntılı incelememize izin vermiyor, aynı zamanda gelişmiş, tıbbi olarak kullanılabilir referans genomlar için temel oluşturuyor. ”
Erlangen Üniversite Hastanesi İnsan Genetiği Enstitüsü Direktörü André Reis şunları ekliyor: “Bu, genomun demokratikleşmesi ve Avrupa kökenli olmayan insanların genom araştırmalarının başarılarına katılımı için önemli bir ilk adım.”
Şu anda yaratılan genom referansı, yalnızca daha fazla çeşitliliği tasvir etmekle kalmıyor, aynı zamanda eski referanstan daha kesin. Bu, aynı anda daha uzun DNA uzantılarını okuyan uzun okumalı DNA dizilimi gibi son teknolojik gelişmelerle mümkün olmuştur. Teknik, geçen yıl Science dergisinde bildirilen ve şimdi yeni referansa dahil edilen ilk tam insan genom dizisinin oluşturulmasına izin verdi.
ayrıca oku
Genel olarak, çalışmanın yazarlarına göre, insan genomunun yüzde 99’u genom referansında yüzde 99’luk bir doğrulukla temsil ediliyor. Ek olarak, yeni pangenom tasarımı, insan genomunun birçok farklı versiyonunu aynı anda temsil ederken, önceki referans genom tek, doğrusal bir sekanstı.
Bu, araştırmacılara, diğer insan genom dizilerini analiz etmek ve gen segmentlerinin varyantlarını belirlemek için yeni referansı kullanma konusunda daha fazla fırsat verir. Çalışma yazarı Paten, “Bu, sonuçta genetik testlerin iyileştirilmesine yardımcı olurken, her tür genetik varyasyonun hastalıklarla mücadeleye olan katkısını daha net bir şekilde anlamamızı sağlayacak.”
Washington Üniversitesi’nden ortak yazar Evan Eichler, “Bu şekilde, örneğin, belirli kardiyovasküler hastalık veya şizofreni türlerinin genetik nedenlerini daha iyi anlayacağız ve onları daha iyi tedavi edebileceğiz” diye ekliyor.
Neredeyse tüm boşluklar kapandı
Çalışmalara dahil olmayan bilim adamları bile yeni referansta muazzam bir potansiyel görüyorlar. “Nature’da yayınlanan bu çalışma ve 2022’de Science’ta yayınlanan ilk tam genom dizilimi, genomun ilk versiyonunda hala mevcut olan tüm boşlukları pratik olarak kapatıyor. ” diye özetliyor Reis.
Hepsinden önemlisi, yeni genom referansı, daha önce sözde yaygın hastalıklarla ilgili geniş genom çapında ilişkilendirme çalışmalarında dikkate alınamayan özellikler ve hastalıklar üzerindeki yapısal değişkenlerin etkisinin araştırılmasına olanak tanır. Ayrıca, nadir hastalıklar olarak bilinenler hakkında yeni bilgiler sağlayabilir.
Avusturya Moleküler Patoloji Araştırma Enstitüsü’nün proje yöneticisi Siegfried Schloissnig’e göre, “genomikte bir değişiklik” çok yakın. Bir kişiye dayalı referans genomun yerini birçok kişinin oluşturduğu bir bileşim alır: “Pek çok analitik yöntemin temelindeki bu köklü değişim, bunların uyarlanmasını veya tamamen yeni yaklaşımların geliştirilmesini gerektirir.”
ayrıca oku
Bununla birlikte, başlangıçta, bir pangenomun ilk taslağı muhtemelen öncelikle genomik analizleri geliştirmeye hizmet edecek, diye açıklıyor Paten: “Uzun vadede, pangenomun, genetik evreni anlamamızı sağlayacak standart bir koordinat sistemine dönüşeceğini umuyorum. popülasyondaki farklılıkları daha kapsamlı bir şekilde tartışmak için.”
Ancak, burada sunulan referansın klinik araştırma topluluğu tarafından benimsenmesi ve kullanılması zaman alacaktır. Paten şöyle açıklıyor: “Sonuç olarak burada, temel bir referans yapısı olarak insan varyasyonunun çeşitli, kapsamlı bir açıklamasını oluşturmak için genomiğin temelini yeniden anlatıyoruz ve böylece önyargıyı azaltıyoruz. Hassas tıbbın geleceğinin herkese eşit şekilde fayda sağlamasını istiyorsak bu çok önemlidir.”